Este programa de Doctorado es una adaptación al RD99/2011 del anterior programa que, con la misma denominación y de acuerdo con lo dispuesto en el RD 1393/2007, de 29 de octubre, se viene desarrollando desde el año académico 2007-2008. Desde su comienzo, el programa de doctorado ha obtenido y renovado la Mención de Calidad hasta el curso 2010-2011 y en 2011 fue distinguido con la Mención hacia la Excelencia por el Ministerio de Educación. El programa de Doctorado Internuniversitario en Economía: Instrumentos del Análisis Económico se puso en marcha el curso 2007/08 fruto de la colaboración entre los Departamentos de Economía de la Universidad de Cantabria y de la Universidad de Oviedo y los Departamentos de Fundamentos del Análisis Económico I, Economía Aplicada III (Econometría y Estadística) y el Instituto de Economía Pública de la Universidad del País Vasco UPV/EHU. Es por lo tanto heredero de los siguientes programas de doctorado: Doctorado en Economía (Análisis Económico, Técnicas Cuantitativas en Economía y Economía Pública) en la UPV/EHU (vigente desde el curso 1987-1988); Doctorado en Economía, ofrecido por el Departamento de Economía de la Universidad de Cantabria desde el año 2003; y Doctorado en Economía, ofrecido por el Departamento de Economía de la Universidad de Oviedo desde el año 1999.
Este programa está distinguido con la Mención hacia la Excelencia concedida por el Ministerio de Educación. Esta distinción representa el reconocimiento a la solvencia científico-técnica y formadora de los programas de doctorado de las universidades españolas, así como la de los grupos de investigación o departamentos que se ocupan de la formación de doctores. La obtención de la Mención hacia la Excelencia posibilita participar en convocatorias específicas de ayudas y obtener beneficios en la concesión de becas de investigación.